|     home    |     search     |     content     |     mail     |     login     |

codebook information

generate SPSS syntax file for values and labels view the list of tables view the entire codebook

7HLA codebook
descriptionCodeboek genetische markers
comments1.MHC-record genotypering
2.MHC-record serologie
3.Chemokineceptoren
a.CCR5
b.CCR2
4.MBL


1.MHC-record genotypering
Dit record bevat de resultaten van genotypering van HLA, TAP en DM genen, zoals verricht in de periode september 1996 tot februari 1997 in het immunogentics laboratorium van de University of Alabama at Birmingham. Dit laboratorium staat onder leiding prof. dr R.A. Kaslow, en de testen zijn uitgevoerd door dr J. Tang.
De variabelen vallen in twee groepen uiteen, de brondata en de data die zijn bewerkt voor het doen van analyses, zoals beschreven in het manuscript van Keet (HLA class I and to a lesser extent class II is in interaction with TAP consistently associated with time to AIDS in HIV-1 infected homosexual men, submitted). Deze analyse-variabelen zijn alleen gemaakt voor de seroconverters, voor deze studie uitgebreid met deelnemers uit de hepatitis B vaccinstudie. De bepalingen verricht voor de case-controle studie bestaan uitsluitend uit bron-data.

Brondata
Met uitzondering van TAP hebben de brondata dezelfde structuur. De aanduiding van de locus (bijvoorbeeld A voor HLA klaase I A) , wordt gevolgd door _al1 dan wel _al2.
a_al1 geeft dan aan welk allel op het ene chromosoom wordt gevonden, a_al2 het allel op het andere chromosoom.
Voor TAP, dat weinig polymorf is geldt een andere structuur, die overeenkomt met die van de analyse-variabelen. De verschillende TAP varianten zijn gecodeerd als 0/1 variabelen, met 0 voor de afwezigheid en 1 voor de aanwezigheid van een specifieke variant.
Polymorphisme op alle loci is bepaald met technieken die op PCR zijn gebaseerd uit DNA idat is geisoleerd uit ingevroren PBMC’s. Klasse I allelen zijn bepaald met sequence-specific primers (SSP), gebruikmakend van een commercieel verkrijgbare klasse I typing kit (Imperial Cancer Research, London, UK). Directe sequentie-analyse werd gebruikt als de typering niet eenduidig was.
Klasse II allelen werden bepaald met SSP (DQB1) en geautomatiseerde sequentie-analyse (DRB1, Pharmacia Biotech, Inc., Uppsala, Sweden). TAP en DM varianten werden geidentificeerd met SSCP.
resp. centreGGD


This form shows information about one or more codebooks. A codebook contains information about a dataset.
  • click on the name of codebook or on button 'content' to view all the information, i.e. all tables, fields and ranges
  • click on 'edit' to edit the general codebook information (only available if you have enough rights)