|     home    |     search     |     content     |     mail     |     login     |

table information

    

tablecode122
namecasecontrol
physical filec:\bolderdata\GGGD\hla\hla.mdb hla_mdb  (Access 97)
descriptionEr is voor het veld BHAMNR als ID veld gekozen, omdat het veld SE (sequence nummer) niet uniek was voor deze dataset: er zijn namelijk sequence nummers van zowel het drugs cohort als het drugs cohort gebruikt.
Een ID werd niet gevonden, namelijk 153: dez
comment short
comment long1.MHC-record genotypering
Dit record bevat de resultaten van genotypering van HLA, TAP en DM genen, zoals verricht in de periode september 1996 tot februari 1997 in het immunogentics laboratorium van de University of Alabama at Birmingham. Dit laboratorium staat onder leiding prof. dr R.A. Kaslow, en de testen zijn uitgevoerd door dr J. Tang.
De variabelen vallen in twee groepen uiteen, de brondata en de data die zijn bewerkt voor het doen van analyses, zoals beschreven in het manuscript van Keet (HLA class I and to a lesser extent class II is in interaction with TAP consistently associated with time to AIDS in HIV-1 infected homosexual men, submitted). Deze analyse-variabelen zijn alleen gemaakt voor de seroconverters, voor deze studie uitgebreid met deelnemers uit de hepatitis B vaccinstudie. De bepalingen verricht voor de case-controle studie bestaan uitsluitend uit bron-data.

Brondata
Met uitzondering van TAP hebben de brondata dezelfde structuur. De aanduiding van de locus (bijvoorbeeld A voor HLA klasse I A) , wordt gevolgd door _al1 dan wel _al2.
a_al1 geeft dan aan welk allel op het ene chromosoom wordt gevonden, a_al2 het allel op het andere chromosoom.
Voor TAP, dat weinig polymorf is geldt een andere structuur, die overeenkomt met die van de analyse-variabelen. De verschillende TAP varianten zijn gecodeerd als 0/1 variabelen, met 0 voor de afwezigheid en 1 voor de aanwezigheid van een specifieke variant.
Polymorphisme op alle loci is bepaald met technieken die op PCR zijn gebaseerd uit DNA idat is geisoleerd uit ingevroren PBMC’s. Klasse I allelen zijn bepaald met sequence-specific primers (SSP), gebruikmakend van een commercieel verkrijgbare klasse I typing kit (Imperial Cancer Research, London, UK). Directe sequentie-analyse werd gebruikt als de typering niet eenduidig was.
Klasse II allelen werden bepaald met SSP (DQB1) en geautomatiseerde sequentie-analyse (DRB1, Pharmacia Biotech, Inc., Uppsala, Sweden). TAP en DM varianten werden geidentificeerd met SSCP.
number of records62
startdate
stopdate
resp. centreGGD
record14-mrt-2001 00:00
ID fieldBHAMNR


This screen displays information about a table.
  • click on "fields" to view information about the fields of this table
  • click on "studies" to view a list of studies that used this table
  • click on "SPSS labels" to generate an SPSS syntax file with field and variable labels
  • click on "code books" to view a list of codebooks that reference this table
  • click on "ID's" to view more information about the ID's in this table (only available with sufficient rights)
  • faq