|     home    |     search     |     content     |     mail     |     login     |

table information

    

tablecode1309
namevwHepatitisVerzamel
physical file Hepatitis  (SQL Server 2005)
descriptionVerzameling van hepatitis A, B en C data van homo- en drugs- cohorten uit verschillende bronnen.
comment short
comment longOpmerkingen bij de verschillende datasources

De bDNA loads (DataSourceCode16) stammen uit de tijd dat er nog geen TMA was. Dus dat zijn veelal de samples die het eerste zijn getest. De bDNA was de meest gevoelige methode in die tijd met een detectiegrens van 615 C/ml. De uitslag van dan <615, betekenend dat een RNA load <615 C/ml had óf helemaal geen RNA. De TMA (DataSourceCode17) kwam later en heeft een lagere detectiegrens, ca 5-10 C/ml maar kan niet kwantificeren (geeft dus alleen pos/neg). De interpretatie hangt dus af van de combinatie van uitslagen.
De combinatie bDNA <615 en TMA negatief betekent dus: RNA NEGATIEF
De combinatie bDNA <615 en TMA positief betekent wel RNA aanwezig maar minder dan 615 C/ml.
Andersom testen eerst TMA en daarna bDNA is ook gebeurd.
Dan hebben we eerst gescreened of een sample RNA had met TMA. Zo ja dan hebben we proberen te kwantificeren met bDNA>
Om het nog ingewikkelder te maken hebben we ook nog getest met een in-house test. Dat is gebeurd omdat de bDNA test gewoon heel duur is en we die niet zo graag wilde gebruiken en heel veel input (plasma) nodig heeft. Vrij gebruiksonvriendelijk op zeldzame samples. De in-house PCR heeft een detectiegrens van ca 1000 C/ml.
Soms zijn ze samen gebruikt, maar dat zal niet vaak zijn denk ik.
Waarschijnlijk is de in-house PCR gedaan om te typeren nadat de bDNA al bekend was.
Dit waarschijnlijk in de hoop dat de in-house PCR toch een signaal zou geven genotypering op uitte kunnen voeren.
In een enkele keer is dat namelijk wel gelukt, maar meestal was dit ijdele hoop.
Om het nog ingewikkelder te maken: er zijn drie verschillende in-house PCRs gedaan:
In house kwantitatieve PCR van het AMC (target UTR regio, doel HCV load-bepaling, detectiegrens <1000 C/ml,) (DataSourceCode15)
In house kwalitatieve PCR van GGD (target NS5B regio, doel genotypering mbv sequencing, maakt direct onderscheid tussen geno 1, 2, 3 en 4, en levert na sequencen gedetailleerd subtype-typering voor phylogenetische analyse, detectiegrens <1000 C/ml) (DataSourceCode18)
In house kwalitatieve genotyperings PCR van GGD (target core regio, doel genotypering, genotypeert direct 1a, 1b, 2a, 2b, 2c, 3a, 4, 5a, 6a op basis van lenget PCR product, maar je kan het virus niet meer sequencen, detectiegrens 500-1000C/ml). (DataSourceCode18)

Getest uit DU cohort zijn:
-Jodam personen
-Selectie van DU tussen 18-30 jaar uit periode 1985-1989.
-Alle 59 seroconverters longitudinaal
-Nog 59 semi-seroconverters ook longitudinaal (HCV positief bij intrede cohort, maar spuitcarričre < 2 jaar)
-Een set HCV-positiev DU die beweren nooit geďnjecteerd te hebben.
-Heel heel veel mensen van de MGGZ polikliniek (veelal niet in het DU cohort).
-Soms nog een aantal willekeurige anderen …

Charlotte van den Berg (DataSourceCode30) heeft de status van HCV bepaald in het drugsCohort, door op basis van toen aanwezige antibody testen en gegevens een conclusie te trekken op bezoeknivo. Zij maakte gebruik van: HCV testen uit CLB (dataSourceCode35), Data van Gerard (DataSourceCode36), Jodam HCv data (DataSourceCode??), Data van AMC (DataSourceCode38), DutchC antibody data (dataSourceCode40), data van Marcel (DataSourceCode37), data van Colette (DataSourceCode20)

DatasourceCode33: Wanneer er na januari 2009 geen HCV status bekend was, zijn HIV+ MSM op hun laatste afname getest in het kader van een update (tot januari 2012) van HCV seroconversies in het ACS homocohort (zie Vanhommerig et al., JAIDS 2014). Gebruikte test: Abbott HCV EIA 3.0, geen confirmatieblot (RIBA oid) gedaan.
number of records22388
startdate
stopdate
resp. centreGGD
record12-mei-2015 00:00


This screen displays information about a table.
  • click on "fields" to view information about the fields of this table
  • click on "studies" to view a list of studies that used this table
  • click on "SPSS labels" to generate an SPSS syntax file with field and variable labels
  • click on "code books" to view a list of codebooks that reference this table
  • click on "ID's" to view more information about the ID's in this table (only available with sufficient rights)
  • faq